第三課掌理屏東縣議會、屏東縣政府及其所屬機關、屏東縣各鄉（鎮、市）民代表會、鄉（鎮、市）公所及其所屬機關之財物審計（財物報損報廢審計除外），辦理下列事項：一、關於監督所管機關重要採購案件預算之執行事項。
二、關於所管機關採購之規劃、設計、招標、履約、驗收及其他相關作業之稽察事項。
三、關於所管機關現金、票據、證券及其他一切財物之管理運用之調查事項。
四、關於經管債券機關通知債券抽籤還本及銷毀案件之處理事項。
五、關於所管機關財務效能之考核、財務責任之核定、財務上不法或不忠於職務之行為及其他專案之調查事項。
六、關於所管機關會計制度及內部審核有關採購規章之會商事項。
七、關於其他依法律應行辦理之財物審計事項。
八、關於縣議會、鄉（鎮、市）民代表會諮詢財物審計案件（財物報損報廢審計案件除外）之擬復事項。
九、關於所管機關函請解釋有關財物審計法令（財物報損報廢審計法令除外）之擬辦事項。
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