第三廳掌理特種公務審計，設五科辦理下列事項：一、關於所管基金分期實施計畫及收支估計表、各徵收機關各項歲入已核定分配預算之查核事項。
二、關於所管中央公債與國庫券之發行、國內外債款之舉借，其條例契約之備查與還本、付息已核定分配預算，及國有財產經營、管理與異動計畫之查核事項。
三、關於所管基金、各徵收機關歲入類、公債、國有財產管理類等會計報告之審核事項。
四、關於所管基金、各徵收機關各項歲入、財政部國有財產署經管國有非公用財產、國有珍貴財產之就地抽查事項。
五、關於所管基金決算、稅課、財產、公債及其他收入之審定事項。
六、關於所管基金固定資產重估價有關紀錄之審核，及投資民營事業之應行審計事項。
七、關於國庫承借款或保證國外借款之查核，及國庫年度出納終結報告、債款目錄之審核編報事項。
八、關於公債、國庫券之發行、還本、付息、債票、息票處理之抽查事項。
九、關於本部及所屬有關單位移送公務用、公共用、事業用財產之查核結果及國有財產目錄之審核編報事項。
十、關於所管各項財務效能之考核、財務責任之核定、財務上不法或不忠於職務之行為及其他專案調查事項。
十一、關於所管基金半年結算報告之查核事項。
十二、關於總預算附屬單位預算半年結算報告及綜計表（非營業部分）之查核及查核報告之編報事項。
十三、關於所管各項決算之審核及審定事項。
十四、關於總決算附屬單位決算及綜計表（非營業部分）之審核及審核報告之編報事項。
十五、關於所管各項會計制度及有關內部審核規章之會商事項。
十六、關於財政部國庫署所送國庫收支月報表之查核事項。
十七、關於所管已屆保管年限之特種公務會計憑證、簿籍、報表等，報請同意銷毀案件之核復事項。
十八、關於所管基金公款補（捐）助團體或私人之應行審計事項。
十九、關於立、監兩院諮詢案件之擬復事項。
二十、關於各機關函請解釋有關特種公務審計法令之擬復事項。
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