第二科掌理交通部所屬機關之公有營業及公有事業審計與財物報損報廢審計，辦理下列事項：一、關於所管營（事）業機關分期實施計畫及收支估計表之查核事項。
二、關於所管營（事）業機關會計報告、半年結算報告之審核事項。
三、關於所管營（事）業機關績效報告及內部審核報告之考核事項。
四、關於所管營（事）業機關財務效能之考核、財務責任之核定、財務上不法或不忠於職務之行為及其他專案之調查事項。
五、關於所管營（事）業機關投資民營事業及公款補（捐）助團體或私人之應行審計事項。
六、關於所管營（事）業機關財產之取得、保管、使用、收益、處分及珍貴動產、不動產管理狀況之抽查事項。
七、關於所管營（事）業機關財務收支之抽查事項。
八、關於所管營（事）業機關決算之審核及審定事項。
九、關於公有營業及公有事業審計之綜合業務事項。
十、關於所管營（事）業機關會計制度及有關內部審核規章之會商事項。
十一、關於所管營（事）業機關固定資產重估價有關紀錄之審核事項。
十二、關於所管營（事）業機關已屆保管年限之會計憑證、簿籍、報表等，報請同意銷毀或移交保管案件之核復事項。
十三、關於所管營（事）業機關經管現金、票據、證券、財物或其他資產之遺失、毀損、報廢或因其他意外事故而致損失者暨財物報廢之審核事項。
十四、關於立、監兩院諮詢所管營（事）業機關公有營業及公有事業審計與財物報損報廢審計案件之擬復事項。
十五、關於所管營（事）業機關函請解釋有關公有營業及公有事業審計與財物報損報審計法令之擬辦事項。
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