智慧財產行政訴訟事件，依智慧財產法院組織法第三條第三款、第四款及本法第三十一條第一項之規定，其訴訟標的以專利法、商標法、著作權法、光碟管理條例、積體電路電路布局保護法、植物品種及種苗法或公平交易法有關智慧財產權之規定為內容，其範圍為：一、對於專責機關有關專利、商標、積體電路電路布局、品種及製版申請之駁回行政處分，所提起之行政訴訟事件。
二、對於專責機關有關專利權、商標權、積體電路電路布局權及品種權之撤銷或廢止行政處分，所提起之行政訴訟事件。
三、對於專責機關有關智慧財產申請權之行政處分，或其他智慧財產權利登記申請之行政處分，所提起之行政訴訟事件。
四、對於專責機關有關智慧財產權強制許可利用之行政處分，所提起之行政訴訟事件。
五、對於海關直接依據智慧財產法令查扣侵害智慧財產權標的物之行政處分，所提起之行政訴訟事件。
六、對於專責機關依智慧財產法令所為獎勵、管制之行政處分，所提起之行政訴訟事件。
七、代替第一款至第六款之行政處分而訂定行政契約。
八、本法所定其他公法上法律關係所生之撤銷訴訟、給付訴訟或確認訴訟事件。
九、涉及違反公平交易法仿冒智慧財產權標的為不公平競爭，所生之公法上爭議事件。
十、上述第一款至第九款之公法上爭議之聲請停止執行事件、證據保全及保全程序事件。
十一、其他依法律規定或經司法院指定由智慧財產法院管轄之事件。
一行為違反智慧財產法律及其他行政法上義務規定而均應處罰鍰者，其智慧財產法律所定之罰鍰額度較高時，為智慧財產行政訴訟事件；其另有沒入或其他行政罰之處罰者，除其處罰之種類相同，經從一重之非智慧財產法律處罰者外，亦為智慧財產行政訴訟事件。
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