第46條科長之職責如下：一、本科職員事務之分配。二、長官交辦職務上事件之處理。三、主管事項之調查與執行。四、本科文稿之審核。五、主管重要文稿之撰擬。六、本科職員之監督指導考核與獎懲之擬議。七、本科例行文件之簽發。八、依法令規定或有權長官之授權緊急文件之處理得先行批發事後補行陳閱。九、大法庭成員組成及異動資料之維護。十、其他有關事項之處理。