第39條書記官之職責如下：一、辦理分配事務事項。二、科長或股長指定各該科股職掌內之有關事項。三、長官交辦事項。四、其他有關事項。書記官應服從其配屬庭長、法官之指揮命令執行職務，並應服從依行政法院組織法第十五條第二項規定，調至最高行政法院協助法官辦事之高等行政法院或高等法院以下各級法院及其分院法官、試署法官或候補法官，於職務權限內之指揮命令執行職務。但該辦事法官、試署法官或候補法官之指揮命令與受其協助之庭長、法官之指揮命令有牴觸者，應服從其配屬庭長、法官之指揮法令。