第39條紀錄書記官應服從其配屬庭長、法官之指揮命令執行職務，並應服從依法院組織法第三十四條第三項規定，調高等法院或其分院，承其配屬庭長、法官之命辦事之試署或候補法官，於職務權限內之指揮命令執行職務。但該試署或候補法官之指揮命令與其配屬庭長、法官之指揮命令有牴觸者，應服從其配屬庭長、法官之指揮命令。紀錄科書記官應備置辦案進行簿，隨時將案件進行與終結情形，翔實登載書記官辦案進行簿作業系統，並於月終送請法官、庭長、院長核閱。如有必要，並得隨時調閱。