第12條放射性廢棄物處理設施興建、運轉與除役審查費及檢查費，其收費基準如下：一、興建、運轉、除役審查費，每一申請案各新臺幣二百萬元。二、興建、除役檢查費，每年每一設施各新臺幣二百萬元。三、運轉檢查費，每年每一設施新臺幣二百萬元；同一核子反應器設施內之處理設施超過一個者，每增一個處理設施加收新臺幣二十萬元。第五條第二項規定，於前項情形準用之。第一項設施換發運轉執照審查費，每一申請案收取新臺幣一百萬元。