主管機關處理干擾之原則如下：一、軍用與非軍用間之無線電通信干擾，由國防部、主管機關會商協調處理。
二、使用無線電頻率發生干擾時，主管機關指配之無線電頻率應獲保障。
三、無線電頻率測定發生爭議時，以主管機關鑑定為準。
四、合法無線電通信間發生不可避免干擾時，應由主管機關分別洽商有關使用者，調整其使用時間，或指配其他適宜之無線電頻率。
五、本國使用者與外國使用者間發生干擾時，無論其在國內或國外，均由主管機關協調相關單位處理。
六、干擾來源為國外者，主管機關應彙集有關資料，依照電聯會無線電規則處理。
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