第3條本分院設下列部、科、室：一、內科部，分七科辦事。二、外科部，分七科辦事。三、精神部，分四科辦事。四、神經復健部，分三科辦事。五、護理部。六、婦產科。七、小兒科。八、放射線科。九、牙科。十、病理檢驗科。十一、急診醫學科。十二、藥劑科。十三、營養科。十四、醫務企管室。十五、社會工作室。十六、職業安全衛生室。十七、秘書室。十八、人事室。十九、政風室。二十、主計室。臺北榮民總醫院員山分院之業務，由本分院人員派充辦理。