電子支付機構應依據使用者人數、業務交易量、業務情況、管理需要及其他相關法令規章之規定，配置適任及適當人數之專任內部稽核人員，以超然獨立、客觀公正之立場，執行其職務；職務代理，應由內部稽核單位人員互為代理。
電子支付機構內部稽核人員應具備下列條件：一、具有二年以上之金融檢查經驗；或大專院校畢業、高等考試或相當於高等考試、國際內部稽核師之考試及格並具有二年以上之金融業務經驗；或具有五年以上之金融業務經驗；符合前述資格之內部稽核人員，其員額不得少於一人。
曾任稽核、會計師事務所查帳員、電腦公司程式設計師或系統分析師等專業人員二年以上，經施以三個月以上之電子支付機構業務及管理訓練，視同符合規定。
二、最近三年內應無記過以上之不良紀錄，但其因他人違規或違法所致之連帶處分，已功過相抵者，不在此限。
三、內部稽核人員充任領隊時，應有三年以上之稽核或金融檢查經驗；或一年以上之稽核經驗及五年以上之金融業務經驗；或一年以上之稽核經驗及曾任三年以上會計師事務所查帳員。
電子支付機構應隨時檢查內部稽核人員有無違反前二項之規定，如有違反規定者，應於發現之日起二個月內改善，若逾期未予改善，應立即調整其職務。
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