電子支付機構應設立隸屬董事會之內部稽核單位，以獨立超然之精神，執行稽核業務，並應至少每年向董事會及監察人或審計委員會報告稽核業務。
電子支付機構應視事業規模、業務情況及管理需要，設置適當職級之稽核主管，綜理稽核業務。
稽核主管應具備領導及有效督導稽核工作之能力，且不得兼任與稽核工作有相互衝突或牽制之職務。
稽核主管之聘任、解聘或調職，應經董事會全體董事三分之二以上之同意後為之。
電子支付機構設置審計委員會者，前項稽核主管之聘任、解聘或調職，應先經審計委員會全體成員二分之一以上同意，未經審計委員會全體成員二分之一以上同意者，應於董事會議事錄載明審計委員會之決議，未設審計委員會而設有獨立董事者，如有反對意見或保留意見，亦應於董事會議事錄載明。
內部稽核單位之人事任用、免職、升遷、獎懲、輪調及考核等，應由稽核主管簽報，報經董事長核定後辦理。
但涉及其他管理、業務單位人事者，應事先洽商人事單位轉報總經理同意後，再行簽報董事長核定。
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