會計師受託辦理查核時，應依各項查核時機擬訂查核程序，其得採取之主要查核程序列舉如下：一、有第三條第一款第一目情事時，其得採取之主要查核程序為：(一)就受查金融機構資產負債表(含表內及表外)及損益表各科目，以本年度金額與以前年度金額、預算數，及相關財務與非財務資訊間之關係，進行分析性複核，並就發生重大變動或差異者，查核其業務之變動情形，注意異常之項目。
(二)針對有惡化趨勢之業務狀況，查明其發生原因，如有涉及違法之虞時，應立即向本部提出報告。
(三)查明受查金融機構是否已對有惡化趨勢之業務狀況，提出具體可行之改善方法，或查明其方善方法是否有效。
(四)查明受查金融機構虧損逾資本三分之一時，是否已依銀行法第六十四條辦理。
(五)查明受查金融機構因業務狀況有惡化趨勢，已無法自行改善，致不能支付其債務或有損及存款人利益之虞時，應立即向本部提出報告。
二、有第三條第一款第二目情事時，其得採取之主要查核程序為：(一)查明受查金融機構已否訂定相關內部控制程序，以監督控制各項業務之經營均能符合有關法令之規定，暨其執行是否有效。
(二)詳閱內部稽核報告，查明受查金融機構業務法令遵循之稽核及改進情形。
(三)就各項業務與相關金融法令及法規加以查核其遵循情形。
(四)受查金融機構各項業務相關金融法令及法規之遵行顯有不當，對其業務之穩健經營有重大影響者，應立即向本部提出報告。
三、有第三條第一款第三目情事時，其得採取之主要查核程序為：(一)查明受查金融機構是否制定各項業務手冊。
(二)取得或編製各項業務問卷、流程圖或程序說明，以查明其業務處理程序之可能缺失。
(三)就各項業務查明其實際執行情形及相關缺失。
(四)針對各項業務實際執行之缺失，與受查金融機構討論，俾提出具體可行之改善方法與建議。
四、有第三條第一款第四目情事時，其得採取之主要查核程序為：(一)查明特定資產負債或表外項目所涉及之各種風險。
(二)查明受查金融機構對各該風險是否已建立風險管理制度；其已建立者，查明是否允當及其實際執行之情形。
(三)針對風險管理發生之缺失事項，與受查金融機構討論，俾提出具體可行之改善方法與建議。
五、有第三條第二款第一目情事時，其得採取之主要查核程序為：(一)就受查金融機構資產負債表(含表內及表外)及損益表各科目，以本年度金額與以前年度金額、預算數，及相關財務與非財務資訊間之關係，進行分析性複核，並就發生重大變動或差異者，查明其財務之變動情形，注意異常之項目。
(二)針對有惡化趨勢的財務狀況，查明其發生原因，如有涉及違法之虞時，應立即向本部提出報告。
(三)查明受查金融機構是否已對有惡化趨勢之財務狀況，提出具體可行之改善方法，或查明其改善方法是否有效。
(四)查明受查金融機構虧損逾資本三分之一時，是否已依銀行法第六十四條規定辦理。
(五)查明受查金融機構因財務狀況有惡化趨勢，已無法自行改善，致不能支付其債務或有損及存款人利益之虞時，應立即向本部提出報告。
六、有第三條第二款第二目情事時，其得採取之主要查核程序為：(一)查明受查金融機構財務報表，是否依照一般公認會計原則編製及揭露。
(二)對於特定交易事項，我國尚未制訂一般公認會計原則者，查明外國一般公認會計原則之實務應用情形，或參照基本會計原則，評估受查金融機構有否應用不恰當之情事。
(三)針對特定交易事項或科目餘額，其財務會計原則之應用不恰當者，查明對財務狀況及經營成果之影響數；其影響數如經調整後，致受查金融機構財務狀況有惡化趨勢時，應立即向本部提出報告。
(四)查明財務會計原則之應用不恰當，有否發生重大之前期損益調整事項，而應更正並重編以前年度財務報表。
七、有第三條第二款第三目情事時，其得採取之主要查核程序為：(一)查明特定資產負債或表外項目之評價是否依一般公認會計原則辦理。
(二)對於特定交易事項，我國尚未制定一般公認會計原則者，查明外國一般公認會計原則之實務應用情形，或參照基本會計原則，查明受查金融機構對特定項目之評價有否可能不適當之情事。
(三)依一般公認會計原則採用成本法評價之特定項目，如改按市價法評價，對受查金融機構財務狀況可能有惡化趨勢時，查明其影響數。
(四)依前目查得之影響數經調整後，如對受查金融機構財狀況可能發生惡化趨勢，應立即向本部提出報告。
(五)對於特定資產負債或表外項目之評價，必要時，應請公正客觀之專家出具報告。
八、有第三條第二款第四目情事時，其得採取之主要查核程序為：(一)查明受查金融機構不良資產之內容。
(二)瞭解受查金融機構不良資產之評估制度。
(三)對於不良放款依擔保品之價值、借保戶之財務狀況等評估可能遭受之損失。
(四)對於不良放款以外之不良資產依其性質分別評估其可能遭受之損失。
(五)查明受查金融機構所提列之備抵呆帳或評價準備是否足以彌補其可能遭受之損失。
九、有第三條第二款第五目或第六目情事時，其得採取之主要查核程序為：(一)查明重大資產之取得或處分、重大負債之舉借或償還是否依受查金融機構內部控制制度及程序辦理。
(二)查明交易事項之目的、價格及條件。
(三)查明交易價格或條件是否經適當評估並作成評估報告。
(四)查驗交易憑證，必要時，應向交易對方或第三者發函以確認交易。
(五)採用分析性複核方法，查明交易價格或條件可能不合理之處，並查明其原因；必要時，應請公正客觀之專家出具報告。
十、有第三條第二款第七目情事時，其得採取之主要查核程序為：(一)採用分析性複核方法，查明申報之表報資料或財務比率可能不合理或不正確之處，並查明其原因。
(二)針對可能不合理或不正確之表報資料或財務比率予以驗算或重新計算，以求得正確之資訊。
(三)經驗算或重行計算後的資訊，如致受查金融機構的財務狀況有惡化趨勢，應立即向本部提出報告。
十一、有第三條第三款第一目情事時，其得採取之主要查核程序為：(一)查明受查金融機構所提供列入金融預警系統之資訊內容是否正確；必要時，予以驗算或重新計算。
(二)針對受查金融機構被評為金融預警系統例外管理之項目，採用分析性複核方法，查明其可能之異常情形及原因。
(三)查明異常情形之發生，如與受查金融機構之風險管理、內部會計制度或內部管理制度等有關者，得採用其他各款規定之相關查核程序。
十二、有第三條第三款第二目情事時，其得採取之主要查核程序為：(一)查明有否發生下列情事之交易對象為關係人者：1與少數企業或個人間之重大交易，例如存放款、投資、固定資產買賣及勞務等之重大交易。
2價格、利率、保證及付款等條件特殊之交易。
3交易之發生顯欠合理。
4交易之實質與形式不符。
5交易之處理程序異常。
(二)採用下列查核程序，查明關係人交易之目的、性質及內容：1瞭解交易事項之目的、價格及條件。
2查驗發票、契約及其他有關之文件。
3確認交易事項有否經董事會或有關主管核准。
4查核擔保品之所有權及價值。
5向關係人或其會計師函證以確認交易。
(三)查明交易價格及條件有否可能異常情形；必要時，應請公正客觀之專家出具報告。
(四)查明與利害關係人之交易，有否違反銀行法第三十二條、第三十三條、第三十三條之二及第三十三條之三規定。
十三、有第三條第三款第三目情事時，其得採取之主要查核程序為：(一)查明是否建立及實施內部會計控制制度，包括下列要件：1管理階層應體認內部會計控制制度之重要性，負責制度之建立及修訂，並確保制度持續有效之運作。
2組織規劃應予合理化，並明確劃分權責。
交易事項之授權、核准、執行及記錄等步驟，宜由不同之部門或人員負責；資產之記錄與保管等職能宜予分立，俾相互驗證其正確性。
3建立健全會計制度，俾正確記錄交易事項，適時提供有效會計資訊。
4建立員工甄選、任用、升遷及培訓等人事制度，俾以適當之工作人員提高內部會計控制之效能。
5設置內部稽核，協助管理階層調查、評估內部會計控制制度，適時建議改進以求有效持續實施。
(二)查明是否建立及實施內部管理控制制度，包括下列要件：1建立健全之管理資訊系統，以供監控經營效率，以及評估管理政策目標達成情形。
2擬訂穩健之財務預算制度，以控制經營成本與費用。
3建立對內部管理控制制度變動之複核及核准程序。
4建立對管理異常及例外事項之辨認及因應措施。
(三)採用下列方法調查受查金融機構內部會計及管理控制程序：1查詢受查者之有關人員；2參閱有關內部會計及管理控制之規定，如組織規程、作業手冊、職務說明書、流程圖及內部稽核報告等；3觀察或抽驗內部作業程序；4若有以前年度之工作底稿，則參閱以前年度工作底稿並作適當修正。
(四)採用下列遵行查核程序，抽查受查金融機構內部會計及管理控制制度是否有效持續運作；1交易抽查：係抽查某類交易事項之處理過程，是否符合既定之內部會計及管理控制程序。
2功能抽查：係就某一特定控制點(而非全部交易過程)予以抽查，以確定其是否有效遵行。
(五)採用下列評估內部會計及管理控制程序，查明重大缺失之事項：1考慮可能發生錯誤與弊陋之類型；2決定何項內部會計及管理控制程序足以防止或發現此類錯誤與弊陋；3確定上述控制程序是否均已設置並確實有效持續運作；4評估任何內部會計及管理控制缺失。
(六)查明是否所有交易事項之執行均經管理階層之授權。
(七)查明是否所有交易事項均為及時、正確之記錄，並予妥適分類，歸屬於適當期間，俾遵照一般公認會計原則及有關法令規定編製財務報表。
(八)查明是否資產之取用與保管均經管理階層之核准。
(九)查明是否定期或不定期比較帳列資產與實存資產，如有差異均經適當處理。
(十)內部會計及管理控制缺失可能損及資產安全者，查明已否立即採取資產保全措施。
(十一)內部會計及管理控制缺失可能損及會計財務資訊之可靠性與完整性者，查明已否重行編製會計財務資訊，以允當表達實際交易事項。
(十二)針對內部會計及管理控制發生缺失之事項，與受查金融機構討論，俾提出具體可行之改善方法與建議。
十四、有第三條第三款第四目情事時，其得採取之主要查核程序為：(一)查明是否建立及實施內部稽核制度，包括下列要件：1規劃內部稽核之組織、編制與職掌，並編撰內部稽核工作手冊。
2設置超然獨立之稽核單位，並建立總稽核制，以制理稽核業務。
3依業務量及營業單位之數量設置充足之稽核人員，並施以適當之訓練。
4稽核單位辦理內部稽核時，應對內部控制及其實施情形加以評估並作成記錄。
(二)查明內部稽核單位是否確實依年度稽核計劃實施內部稽核。
(三)查明內部稽核單純對有關主管機關、會計師、監察人所提查核意見或發現之問題，是否持續追蹤、覆查、考核，並將其追蹤考核改善辦理情形，以書面提報董(理)監事會核議作成記錄。
(四)針對內部稽核制度可能缺失之事項，與受查金融機構討論，俾提出具體可行之改善方法與建議。
十五、有第三條第三款第五目情事時，其得採取之主要查核程序為：(一)查明某事件發生之原因及受查金融機構之處理是否允當，以防止損失之擴大或繼續發生。
(二)查明某事件之發生及截至查核時，對受查金融機構財務狀況之可能影響。
(三)某事件之發生，導致受查金融機構財務況有惡化趨勢，應立即向本部提出報告。
(四)某事件之發生涉及受查金融機構內部控制缺失者，查明受查金融機構是否提出具體可行之改善方法。
十六、有第三條第三款第六目情事時，其得採取之主要查核程序得參照前各款或中華民國審計準則公報之規定，針對受查金融機構之特定狀況擬定之。
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