第5條本部之次級機關及其業務如下：一、新竹科學園區管理局：執行科學園區設置管理條例所定事項。二、中部科學園區管理局：執行科學園區設置管理條例所定事項。三、南部科學園區管理局：執行科學園區設置管理條例所定事項。