第46條考古遺址依其主管機關，區分為國定、直轄市定、縣（市）定三類。直轄市定、縣（市）定考古遺址，由直轄市、縣（市）主管機關審查指定後，辦理公告，並報中央主管機關備查。中央主管機關得就前項，或接受各級主管機關、個人、團體提報已指定之直轄市定、縣（市）定考古遺址，審查指定為國定考古遺址後，辦理公告。考古遺址滅失、減損或增加其價值時，準用第十七條第四項規定。考古遺址指定基準、廢止條件、審查程序及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。