未依本辦法許可輸出之廢棄物遭接受國拒絕時，除由相關機關依法處罰外，原輸出者、經原輸出者委託之廢棄物清除機構、廢棄物處理機構，應於接獲接受國政府或本國主管機關通知日起七日內，向直轄市、縣（市）主管機關申請核發復運進口許可文件，並於直轄市、縣（市）主管機關核定期限內，完成復運進口作業，相關機關不得拒絕。
但原輸出者或其委託者如取得有能力妥善處理該等廢棄物之第三國同意接受處理文件，得向直轄市、縣（市）主管機關申請核發許可文件後，轉運至該第三國處理，並應於直轄市、縣（市）主管機關核定期限內，完成轉運作業；其屬有害廢棄物者，應先經中央主管機關同意。
前項之申請復運進口，申請者應檢具下列書件：一、貨品進口同意書申請書。
二、原接受國政府通知拒絕該批廢棄物之文件。
三、原報關輸出之出口報單證明聯影本。
四、復運進口計畫，其內容應包含復運運輸方式、預定復運日期、復運進口口岸、復運地點及復運進口後之貯存、清除、處理方式說明。
但復運地點限於產生該廢棄物之事業或廢棄物處理機構。
五、本國原輸出廢棄物來源及確認其性質之說明資料。
必要時，主管機關得要求出具廢棄物或受污染物成分分析檢測報告。
六、申請者非原輸出者時，應檢附廢棄物處理機構許可證及委託合約。
七、其他經主管機關指定之文件。
第一項但書之申請轉運，申請者應填具申請書，並檢附下列書件：一、原接受國政府通知拒絕該批廢棄物之文件。
二、第三國主管機關出具同意輸入之文件或輸入不予管制之證明文件及該國政府認可之處理機構同意處理該廢棄物之書面同意文件。
三、本國原輸出廢棄物來源及確認其性質之說明資料。
必要時，主管機關得要求出具廢棄物或受污染物成分分析檢測報告。
四、第三國處理機構之處理方式說明書。
五、轉運過程之包裝、運輸及處理方式說明書。
六、申請者非原輸出者時，應檢附廢棄物清除機構許可證及委託合約。
七、其他經主管機關指定之文件。
第一項復運進口或轉運之期限，不得超過九十日。
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