核發機關受理各項水措計畫或許可證（文件）申請、變更或展延案件，依第四十二條進行文件完整性之程序審查，及內容合理性之實體審查，其審查範圍不得及於申請、變更或展延內容以外之事項，經認定應補正資料時，依下列規定辦理：一、審查意見應以一次性提供為原則，內容應符合本法所定法規，並與申請、變更或展延內容事項有關。
除因申請者補正之資料文件而新增之審查意見外，後續通知限期補正時，不宜有前次通知限期補正未列明之審查意見。
二、核發機關第一次提供之審查意見，應於通知申請者限期補正前七日內，以電話或面談方式提供諮詢，並作成紀錄。
三、核發機關應依諮詢結果，以書面方式通知申請者限期補正。
四、申請者未能於第二款期限內以電話或面談方式參與諮詢，核發機關應以書面方式通知申請者限期補正，並通知提供諮詢之方式。
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