本基金之收支、保管及運用，應設空氣污染防制基金管理會（以下簡稱本會），置委員十七人至二十三人，其中一人為召集人，由本署署長兼任；一人為副召集人，由署長指定副署長一人兼任，其餘委員由召集人遴聘有關機關代表、學者、專家及環保團體代表擔任，其成員之任一性別比例不得低於三分之一。
前項學者、專家及環保團體代表，應占本會名額三分之二以上，並不得由相關產業之大股東擔任，且環保團體代表不得低於本會名額六分之一。
本會委員任期二年，期滿得續聘之；均為無給職。
本會為研商及推動各項空氣污染改善策略之執行，並審議督導各地方政府執行之成效，得設技術諮詢小組。
技術諮詢小組，由本會召集人遴選專家、學者組成，並指定一人為小組召集人；任期二年，期滿得續聘之；均為無給職。
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