依本辦法提出補助申請，並經各級主管機關審核通過者，其補助金額如附表。
同時符合第三條第一項各款規定之車主僅得擇一申請。
符合第三條第一項第一款第一目規定之一至三期大型柴油車，於總累計補助金額五萬元以內，不限申請補助次數；總累計補助金額逾五萬元，不得再依本辦法提出申請補助。
申請補助者就前項情形，如有再經調修燃油控制系統且符合第三條第一項第一款第二目規定者，得再依本辦法提出申請補助，惟總累計補助金額不得逾十萬元。
已符合第三條第一項第一款第二目、第二款或第三款者，每輛大型柴油車以申請補助一次為限。
前四項補助金額撥付期間及方式如下，逾期不予受理：一、申請補助者應自車輛完成調修燃油控制系統起三十日內，檢附第六條規定之文件，向各級主管機關申請撥付補助金額，補助金額以百元為單位，未達百元者按十元數四捨五入，一次撥付。
二、加裝空氣污染防制設備者，其補助金額分三期撥付：（一）第一期：申請補助者應自車輛完成加裝空氣污染防制設備起三十日內，檢附第七條規定之文件，向各級主管機關申請撥付補助金額百分之七十之補助款。
（二）第二期：申請補助者應自車輛加裝空氣污染防制設備滿一年起三十日內，檢附加裝空氣污染防制設備滿一年後符合第七條第一款之文件、第三款規定之檢測報告及空氣污染防制設備安裝於大型柴油車上之佐證文件（含照片），向各級主管機關申請撥付補助金額百分之二十之補助款。
（三）第三期：申請補助者應自車輛加裝空氣污染防制設備滿三年起三十日內，檢附加裝空氣污染防制設備滿三年後符合第七條第一款之文件、第三款規定之檢測報告及空氣污染防制設備安裝於大型柴油車上之佐證文件（含照片），向各級主管機關申請撥付補助金額百分之十之補助款。
第一項至第四項之補助金額，申請補助者得以直接折抵調修燃油控制系統或加裝空氣污染防制設備費用方式，由受理申請之各級主管機關核撥補助金額予申請補助者指定之汽車修理業、空氣污染防制設備製造商或代理商。
以電匯方式核撥者，得於補助款內扣除匯款手續費。
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