第16條主任秘書承長官之命，處理事務，其權責如下：一、關於本署文稿之綜核、代判事項。二、關於機密及重要文件之處理、分配事項。三、關於各種重要會議之籌劃、參加事項。四、關於與各機關之聯繫、協調及質詢調查案件之分辦事項。五、關於行政業務之管制考核事項。六、關於署長、副署長不在署時署務之代理事項。七、關於分層負責權責範圍內事項之決定事項。八、關於職責上應隨時提請署長、副署長注意之事項。九、關於署長、副署長交辦事項。