申請新藥臨床試驗，每件應繳納之費用如下：一、藥品臨床試驗計畫書審查，新臺幣三萬元。
二、藥品臨床試驗報告書審查，新臺幣兩萬元。
三、藥品臨床試驗申請下列事項變更，新臺幣五千元。
（一）變更計畫書或計畫書附錄。
（二）變更受試者同意書。
（三）變更試驗中心或試驗主持人。
（四）變更試驗委託者。
（五）變更試驗藥品製造廠。
（六）變更或更新試驗藥品安定性資料、試驗藥品文件、試驗藥品檢驗方法規格。
四、藥物優良臨床試驗準則（GoodClinicalPractice,GCP）之實地查核，每場次新臺幣一萬五千元。
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