第44條主管機關對於傳染病病人之處置措施如下：一、第一類傳染病病人，應於指定隔離治療機構施行隔離治療。二、第二類、第三類傳染病病人，必要時，得於指定隔離治療機構施行隔離治療。三、第四類、第五類傳染病病人，依中央主管機關公告之防治措施處置。主管機關對傳染病病人施行隔離治療時，應於強制隔離治療之次日起三日內作成隔離治療通知書，送達本人或其家屬，並副知隔離治療機構。第一項各款傳染病病人經主管機關施行隔離治療者，其費用由中央主管機關編列預算支應之。