第16條依本條例規定執行輸出入動物檢疫應管制之動物傳染病，係指依本條例第六條第一項公告之甲、乙、丙三類動物傳染病。輸出入動物檢疫機關對甲類動物傳染病，應隨時參考國際疫情報告，預作疫區控制，並得報請中央主管機關依本條例第三十三條公告疫區及該疫區禁止輸入之檢疫物。國際間發生之動物傳染病，為依本條例第六條第一項所公告範圍以外之動物傳染病者，輸出入動物檢疫機關應於中央主管機關未指定前，先行檢疫或作其他防疫上之緊急措施。