第4條共同清除、處理機構設置完成後，應於三個月內檢具下列文件向所在之地方政府申請營運許可證；地方政府擬具審查意見後，轉請中央農業主管機關核發之：一、申請書。二、登記證明文件。三、技術員資格證明文件。四、清除、處理設施或清運工具清冊(含車籍資料)。五、設施完工證明文件，但申請清除機構者免附。六、污染防治監測計畫書。七、營運管理計畫書。八、農業廢棄物清除、處理及其最終處置去處證明文件。九、其他由中央農業主管機關指定之文件。