第39條鮪延繩釣漁船未經許可，不得捕撈南方黑鮪；意外捕獲該魚種時，應即丟棄，並將丟棄量填報於漁撈日誌及電子漁獲回報系統。配額限制魚種之單船許可配額用罄後，鮪延繩釣漁船再捕獲該魚種時，應即丟棄，並將丟棄量填報於漁撈日誌及電子漁獲回報系統。鮪延繩釣漁船不得捕撈或持有未滿六十公分之紅肉旗魚、黑皮旗魚、白皮旗魚或雨傘旗魚；意外捕獲時，活體應釋放，屍體應丟棄，並應於漁撈日誌及電子漁獲回報系統填報釋放或丟棄之個體數目。