第45條為保育水產資源，主管機關得指定設置水產動植物繁殖保育區。水產動植物繁殖保育區之設置，由直轄市主管機關核定，或由縣(市)主管機關提具該保育區之管理計畫書，報中央主管機關核定後公告之；其涉及二省(市)以上者，應報由中央主管機關核定之。保育區之管理，應由管轄該保育區之直轄市或縣(市)主管機關負責。但該水域跨越二縣(市)、二省(市)以上，或管轄不明時，由中央主管機關指定機關管理之。