申請幹部船員執業證書者，應填具申請書，並檢附下列文件及證書費，向中央主管機關辦理：一、最近一年內二吋半身正面脫帽照片二張。
二、漁船船員手冊影本一份。
三、考試院核發之漁船船員考試及格證書、中央主管機關核發之漁船幹部船員專業訓練結業證書，或其他經中央主管機關審查符合幹部船員相關類科同等訓練之證明文件正本、影本各一份，正本於繳驗後發還。
四、經第十條第一項醫療機構所出具有效之合格漁船船員體格檢查證明書一份。
五、其他經中央主管機關指定應繳（驗）之證明文件如附表三。
前項第三款之其他經中央主管機關審查符合幹部船員相關類科同等訓練之證明文件，係持有考試院核發之航海人員相關考試及格證書、海事院校相關科系畢業證書或交通部核發之船員適任證書者，應向中央主管機關辦理審查符合幹部船員相關類科同等訓練之驗證，相關類科同等訓練驗證規定由中央主管機關定之。
申請幹部船員執業證書時，其持有第一項第三款及前項考試及格證書、結業證書、畢業證書或適任證書，自核發日逾五年者，需再接受第十一條第一項第二款規定之幹部船員專業訓練，領有結業證書後，始得申請幹部船員執業證書。
但提出最近五年內出海作業達一年之經歷證明者，不在此限。
幹部船員執業證書有效期限為五年；期滿申請換發者，應於期滿前六個月內申請換發。
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