直轄市、縣(市)主管機關對於依本條例第三十九條規定核發證明文件之案件，應於該證明文件核發後，予以建檔列管，並應依本條例第四十條規定，會同區域計畫法或都市計畫法土地使用分區管制之主管機關或地政事務所、稅捐稽徵處或國稅局等有關機關，定期檢查或抽查。
稅捐稽徵處、國稅局或地政事務所依法核准農業用地不課徵土地增值稅、免徵遺產稅或贈與稅或耕地所有權移轉登記之案件，應自行列管或於登記資料上註記，並於核准後一個月內，將有關資料送直轄市、縣(市)主管機關於前項之建檔列管案件加以註記。
直轄市、縣(市)主管機關辦理第一項定期檢查或抽查，於發現有未依法作農業使用情事之案件時，應予列冊專案管理，並依下列方式處理：一、通知該農業用地之土地所有權人，依本條例第三十七條第三項、第三十八條第一項或第二項之規定，限期令其恢復作農業使用，並追蹤其恢復作農業使用情形，註記所專案列管之資料。
二、通知區域計畫法或都市計畫法土地使用分區管制之主管機關，依本條例第六十九條第一項處理。
三、農業用地之土地所有權人有本條例第三十八條第一項、第二項未恢復作農業使用或再有未作農業使用情事者，通知該管國稅局或稅捐稽徵處追繳遺產稅、贈與稅或田賦；其有本條例第三十七條第三項或第四項未恢復作農業使用或再有未作農業使用情事者，應於第一款之資料內註記，並通知該管稅捐稽徵處註記，該農業用地於再移轉時，直轄市、縣(市)主管機關應於依本條例第三十九條規定核發之證明文件內，註明上開情事。
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