第16條主任秘書承長官之命，處理事務，其權責如下：本署文稿之綜核及代判。二、機密與重要文件之處理及分配。三、各種重要會議之籌劃及參加。四、署長、副署長不在署時署務之代理。五、分層負責權責範圍內事項之決定。六、職責上應隨時提請署長、副署長注意之事項。七、署長、副署長交辦事項。