第12條會計室辦理下列事項：一、單位預算之分預算有關概算、預算之編製。二、追加減預算之編審及動支預備金之申請。三、單位預算之分預算各項業務經費之審核與預算控制及各項採購作業之監辦。四、分署付款憑單、收支及分錄轉帳傳票之編製。五、分署計畫經費處理與相關規定之擬定及輔導。六、分署歲出應付款保留之審核、申請。七、會計報告、決算之編製。八、農業特別收入基金分基金各項會計業務之處理。九、公務統計報表之審核。十、其他臨時交辦事項。