第13條主管機關為瞭解庇護工場經營管理之狀況，得要求其提出業務及財務報告，並得派員查核之。庇護工場有下列情形之一者，當地主管機關應通知限期改善，屆期未改善者，得廢止其設立許可，並公告之：一、業務經營與設立目的不符。二、財務收支未取得合法憑證或會計紀錄未完備。三、拒絕、規避或妨礙主管機關查核。四、對於業務或財務為不實之陳報。五、暫停營業一個月以上，未向當地主管機關申報備查。六、未依設立計畫書進用庇護性就業之身心障礙者人數。七、違反保護勞工法令，情節重大。