第94條違反第六條、第七條或停止航行命令者，由航政機關處船舶所有人、船長、遊艇駕駛或小船駕駛新臺幣六千元以上六萬元以下罰鍰，並命其限期改善。未依第二十條第二項規定或違反第十一條第三項所定期限申請船舶變更登記或註冊，或換發船舶相關證書，由航政機關處船舶所有人新臺幣六千元以上六萬元以下罰鍰。