第39條自由港區事業違反第十八條第二項或第三項規定者，得由海關予以警告或處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並命其限期改正；屆期未改正者，得按次處罰；經處罰三次仍未改正者，得由海關停止六個月以下進儲貨物或辦理按月彙報作業，或由自由港區管理機關廢止其營運許可。