第5條本基金之管理機關為本部，下設各基金之管理機關如下：一、民航事業作業基金：本部民用航空局。二、國道公路建設管理基金：本部高速公路局。三、鐵道發展基金：本部鐵道局。四、觀光發展基金：本部觀光局。本基金下設各基金之管理機關應建立責任中心制度，以確保收入及控制成本，發揮財務管理功能，並使具自償性交通建設達成財務計畫設定之自償比例。