第5條運輸經營管理組職掌如下：一、運輸經營管理政策、法規、制度之研究與建議事項。二、運輸經濟課題之研究事項。三、大眾運輸投資計畫經濟評估與財務分析之審議及建議事項。四、運輸經營管理技術之研究、發展與推廣事項。五、運輸事業經營及管理課題之研究事項。六、促進民間參與交通建設之研究與建議事項。七、發展大眾運輸相關課題之研究與建議事項。八、物流、運籌等相關課題之研究與建議事項。九、其他有關運輸經營管理研究事項。