會計處得分科辦理，掌左列事項：一、本部及所屬機構年度預算決算之籌劃、審議與編報事項。
二、本部及所屬機構與公民營交通事業機關中長程發展計畫之評估、會核與擬辦事項。
三、本部及所屬機構與公民營交通事業機關會計制度，財產物料管理制度之擬辦、修訂與核議事項。
四、本部及所屬機構與公民營交通事業機關收費率之會核，財務收支，損益盈虧、經營績效之評估、會核與擬辦事項。
五、本部及所屬機構與公民營交通事業機關涉及營業稅、所得稅關稅等有關財稅獎勵減免案件之擬議，核辦及會核事項。
六、本部及所屬機構預算執行之控制、財務收支之檢查、舉借債款之核議、各項債權債務之督導清理與現金、票據、證券、銀行存款之抽點、複核事項。
七、本部及所屬機構營繕工程購置、定製、變賣財物之核議、監辦與財產壽年之評估、財產汰舊換新、報發、質押、交換、贈與、保險之擬議核辦事項。
八、本部及所屬機構各項會計事務處理之規劃、督導與管理事項。
九、本部及所屬機構績效報告之審核、彙編事項。
十、本部及所屬機構外匯收支預算之審核、編報與結購外匯之審查、核辦事項。
十一、本部及所屬機構會計機構之設置、會計人員之任免、遷調考核、獎懲、進修、訓練、退休、資遣等有關會計人事案件之擬議與核辦事項。
十二、有關財務、稅務、預算、會計法規案件之擬議及核辦事項。
十三、其他有關預算會計事項。
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