第5條業務課掌理下列事項：一、商港設施經營管理事項。二、船舶貨物裝卸承攬業、拖駁船業經營許可事項。三、港埠業務費計收事項。四、商港服務費收取事項。五、有關商港營運發展企劃事項。六、棧埠設施維護管理事項。七、旅客服務事項。八、棧埠業務調派申請事項。九、客戶服務事項。十、資訊設備管理維護事項。十一、法制業務事項。十二、其他交辦事項。