第12條秘書室掌理事項如下：一、印信典守及文書、檔案之管理。二、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。三、本局與所屬機關（構）辦公廳、宿舍等不動產之取得及管理配置。四、施政計畫編訂及管考、為民服務、公文管考、研究發展、出版品管理。五、風險管理及政府內部控制監督作業。六、本局所屬機關（構）辦公廳、宿舍、檔案財產之督導考核。七、國會聯絡、媒體公關事務之政策規劃、研擬、執行及管考。八、工友（含技工、駕駛）及駐衛警之管理。九、本局安全防護及車輛管理。十、不屬其他各組、室事項。