第16條檢驗機構與出口人得以協議方式解決爭議。於世界貿易組織協定在中華民國管轄區域內生效之日起，出口人如依前條規定向檢驗機構提出申訴後二日內未能解決爭議時，任何一方均得依世界貿易組織裝運前檢驗協定之規定，提付獨立之審查程序進行爭議處理。