在區內營業之事業按營業額計收管理費者，應於每期終了之次月二十日前，填具加工出口區區內事業營業額及管理費申報書，並檢附下列文件，向管理處或分處申報營業額及管理費，並應於當期終了之次月末日前繳清管理費：一、當期向稅捐稽徵機關申報之營業人銷售額與稅額申報書影本。
但無法取得營業人銷售額與稅額申報書者，得免附。
二、收據明細表。
但於營業人銷售額與稅額申報書中有明確記載其金額者，得免附。
三、符合扣抵項目之證明文件影本。
但銷貨退回與折讓及營業外之出售固定資產收入，於營業人銷售額與稅額申報書中有明確記載其金額者，得免附。
四、其他因審核申報資料需要，經管理處或分處要求提供之證明文件。
在區內營業之事業按建築物樓地板面積計收管理費者，應於每期終了之次月末日前繳清管理費。
經核准在區內投資興建租售建築物之公民營事業外之其他在區內設有營業或聯絡處所之事業，應於每期終了之次月末日前繳清管理費。
前三項規定之期限屆滿前，在區內營業之事業如有正當理由，得向管理處或分處申請展期，延展期限不得逾十日，且同一年度以一次為限。
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