區內事業依前條規定辦理盤存之保稅貨品與當年度帳面結存數量不符時，依下列規定辦理：一、實際盤存數量少於帳面結存數量，如未逾盤差容許率者，准免補繳稅捐；逾盤差容許率者，應於接獲海關核發之補稅通知之翌日起十日內，繕具報單補繳進口稅捐、貨物稅及營業稅。
二、實際盤存數量多於帳面結存數量，應將超過部分之差額併入結存數，如逾盤差容許率者，並應向海關說明理由；如係用料清表所列產品用料量偏高，應修訂用料清表，供次年度結算時使用。
區內事業之同一種類或可相互替代流用之原料，如部分為保稅，部分為非保稅，於年度結算時，應一併列入盤存，並按實際使用數量沖銷保稅及非保稅原料帳；未能查明其實際使用數量者，應優先沖銷保稅原料數量；非保稅原料發生盤差者，免予補稅。
區內事業之原料盤差容許率，準用海關管理保稅工廠分業分類原料盤差容許率表辦理之。
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