生技新藥公司依本辦法規定投資於研究與發展及人才培訓之支出，應於該等支出當年度辦理營利事業所得稅結算申報時，依第六條及第七條規定支出項目填報，並依下列規定，檢具相關文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其數額：一、研究與發展支出：（一）經濟部核發之生技新藥公司審定函。
（二）公司之組織系統圖及研究人員名冊。
（三）研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之完整進、領料紀錄。
（四）當年度購置專供研究發展用儀器設備之清單。
（五）研究發展單位配置圖及其使用面積占建築物總面積之比率說明書。
（六）購置或使用專利權、專用技術、著作權之契約或證明文件及其攤折或支付費用計算表。
（七）研究計畫及紀錄或報告。
（八）其他有關證明文件。
二、人才培訓支出：（一）經濟部核發之生技新藥公司審定函。
（二）人才培訓計畫。
（三）培訓人才名冊及執行情形。
（四）員工出國進修辦法。
（五）其他有關證明文件。
生技新藥公司依前項規定填報之文件如有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前申請更正；逾期申請者，稅捐稽徵機關不予受理。
稅捐稽徵機關於核定其可抵減稅額時，對生技新藥公司申報之支出內容或相關事項有疑義者，得請各中央目的事業主管機關協助認定。
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