第49條機密文件處理規定如下：一、凡文件封套有本局局長親啟及機密字樣者，作密件論。二、收到機密文件，應於密件收文簿上編號登記，原封送陳局長拆閱。三、密稿由承辦人員親送核判。四、密稿文繕，應由承辦人員親自監視，繕(印)完畢後，由承辦人員自行校對，送印封交收發人員登記送發，原稿收回密存，並依規定程序歸檔，至在繕(印)時所有廢紙及油印紙，亦應由承辦人員負責收回銷燬。