第3條本局局長綜理局務，副局長襄助局長處理局務，秘書綜理文稿及協助局長處理水利行政業務，並設下列各課、室：一、企劃課。二、水質課。三、保育課。四、管理課。五、建管課。六、秘書室。七、人事室。八、會計室。九、政風室。