第3條本局局長綜理局務，副局長襄理局務，並設下列各課、室、水庫管理中心：一、計畫課。二、品管課。三、工務課。四、保育課。五、養護課。六、經管課。七、資產課。八、石門水庫管理中心。九、寶山第二水庫管理中心。十、秘書室。十一、人事室。十二、會計室。十三、政風室。