第90條物流中心業者違反第六十條第四項所定辦法中有關變更登記、證照之申請、換發、貨物之管理或通關之規定者，海關得予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下貨物進儲、按月彙報或廢止其登記。