第6條參與業者使用關港貿單一窗口申辦貨物通關、航港、貿易簽審、檢驗及檢疫業務，應以憑證提出註冊申請。透過電腦連線關港貿單一窗口，申辦前項業務者，限以政府憑證管理中心簽發之政府憑證、內政部憑證管理中心簽發之自然人憑證、經濟部工商憑證管理中心簽發之工商憑證、組織及團體憑證管理中心簽發之組織及團體憑證提出註冊申請。第一項業務以電子資料傳輸方式連線關港貿單一窗口申辦者，除得使用前項憑證提出註冊申請外，亦得以通關專屬憑證為之。