第25條經營通關網路業者取得經營許可執照後，違反第六條第一項第一款規定者，財政部得依關稅法第八十二條規定，通知其限期改正或處新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰；並得按次處罰；處罰三次仍未改正，得停止六個月以下傳輸通關資料業務或廢止其許可。