實施自主管理之業者，應具備下列條件：一、已設置電腦及相關連線設備，並以電子資料傳輸方式依關務有關法令處理業務。
二、制度完善，營運正常及管理良好；對貨櫃（物）之進儲、提領、存放位置、異動及進出棧（倉）設有完整之電腦控管作業流程。
但儲存大宗或種類單純之裸裝貨物者，不在此限。
三、大門警衛室設有電腦並採連線控管貨物進出，且可提供海關線上查核。
但保稅工廠附設之自用保稅倉庫，不在此限。
四、大門及依法規應設置之集中查驗區域、貴重物品儲存專用倉間、未經公告准許輸入大陸物品儲放專區內，須設置具備二十四小時連續錄影或動態偵測錄影、供駐庫（稽核）關員線上監看等功能之監視系統。
監視錄影檔案應存檔三十日以上，以供海關查核。
但設立於港口機場管制區內以儲存大宗或種類單純裸裝貨物之業者，得經海關核准免設置。
五、業者無積欠已確定之稅額及罰鍰或提供相當擔保。
六、連續滿三年所存儲之貨櫃（物）無私運或嚴重失竊紀錄，且所屬員工無利用職務之便從事走私違法行為者。
但有下列情形之一者，得不受三年期間之限制：（一）新申請設立登記之自用保稅倉庫、物流中心、免稅商店或專供存儲免稅商店銷售貨物之保稅倉庫。
（二）港口機場管制區、加工出口區、農業科技園區或科學工業園區之倉儲業，設置未滿三年。
進出口貨棧、貨櫃集散站申請或經海關指定自主管理，除應具備前項各款規定之條件外，並應設有獨立之警衛部門，負責執行貨櫃（物）進出站（倉）之查對、門禁管制及櫃場（倉棧）巡邏；警衛人員需著制服，以資識別。
但設立於港口機場管制區內之進出口貨棧，不在此限。
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