進口、出口、轉運、轉口之實貨櫃卸存碼頭者，按一般卸存碼頭之進出口貨物處理。
運輸業者、承攬業者及集散站業者辦理貨櫃卸船、裝船、出站、進站及存站手續，應依下列規定辦理：一、集散站業者應擷取運輸業者及承攬業者以電子資料傳輸分送之進口艙單訊息及卸貨准單、特別准單（含貨櫃清單）訊息辦理存站手續。
如未與通關網路連線者，則憑書面文件辦理之。
二、依海關通知配合辦理加封電子封條或儀器檢查等事項。
三、貨櫃直接進儲原碼頭或同區段碼頭港口集散站或碼頭專區者，運輸業者免列印貨櫃（物）運送單，應俟貨櫃加封後，送交集散站業者驗明貨櫃標誌、號碼及封條號碼無訛後憑以點收進站。
貨櫃進儲其他區段港口集散站或內陸集散站須出碼頭管制站者，運輸業者應俟貨櫃加封後，列印貨櫃（物）運送單隨同貨櫃送交貨櫃卸存地之集散站業者驗明貨櫃標誌、號碼及封條完整無訛後，憑以點收進站。
貨櫃（物）運送單並應留存，俾憑查核勾稽。
四、運輸業者、承攬業者及集散站業者於貨櫃卸船、裝船、出站、進站、存站等各階段作業完畢後及貨櫃拖車進站領櫃時，應即以電子資料傳輸至海關核可平臺辦理登錄作業。
前項卸船貨櫃之加封，海關得要求運輸業者應在適當地點設立加封站，並指派足夠人員，專任對船卸下之實貨櫃加封工作，關員不定時巡查或抽核。
第二項貨櫃（物）之運送控管所需文件、電子資料傳輸及其作業規定，由海關訂定並公告。
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